A pesar de estar reducidos a prisión, Regeneración siguió publicándose hasta octubre de 1901 en que Porfirio Díaz, colérico, humillado en su orgullo por la firmeza de los primeros, envió un mensaje a éstos diciéndoles que si volvía a publicarse otro número del periódico, serían asesinados en el interior de un calabozo. Así fue como terminó la primera época de Regeneración.

En abril de 1902 recobraron su libertad los prisioneros, y en julio del mismo año Ricardo y Enrique Flores Magón tomaron a su cargo la redacción de un periódico oposicionista, El Hijo del Ahuizote, y cuando salieron en libertad a fines de enero de 1903, continuaron sus trabajos periodísticos en la misma publicación, y fundando poco después, con otros amigos, un periódico, llamado Excelsior que, por su energía, recordaba al extinto Regeneración.En abril fueron nuevamente reducidos a prisión, en compañía de Librado Rivera. Como mientras Ricardo y Enrique estaban presos, Excelsior y El Hijo del Ahuizote continuaban saliendo a luz, el juez que conocía de su causa, por orden de Porfirio Díaz pronunció un fallo el 9 de junio de 1903, prohibiendo la circulación de cualquier periódico escrito por ellos. Desde entonces quedaron imposibilitados de continuar en México la propaganda de sus ideales, y cuando salieron en libertad, espiados por todos lados, acosados por los esbirros y los rufianes de Porfirio Díaz que amenazaban asesinarlos, se vinieron a los Estados Unidos con la esperanza de propagar sus ideas con más tranquilidad.

Todas sus imprentas habían sido decomisadas por el gobierno y cargados de miseria, pero llenos de fe en el triunfo de la causa de los oprimidos, reanudaron sus trabajos en San Antonio, Texas, en 1904, publicando otra vez Regeneración. Un rufían pagado por el gobierno mexicano, los agredió con un puñal en el local en que preparaban el periódico. El rufián fue arrojado a la calle, y en ese momento, policías apostados a propósito en las cercanías de la casa, cargaron con Enrique a la cárcel y un juez lo sentenció a pagar una multa por no haberse dejado asesinar.

Como en San Antonio no gozaban de ninguna clase de garantías, Ricardo y Enrique marcharon a Saint Louis, Mo., en febrero de 1905, donde continuaron publicando Regeneración, en compañía de Librado Rivera que fue a unírseles.

El 12 de octubre de ese año, el gobierno mexicano logró que fueran arrestados Ricardo y Enrique por la publicación de Regeneración; las oficinas del periódico fueron saqueadas; la imprenta, decomisada y rematada, así como las máquinas de escribir y los muebles. pocos días después, a instigaciones del gobierno mexicano, fue retirado al periódico el privilegio de circular en las estafetas como artículo de segunda clase, dándose como pretexto que más del cincuenta por ciento de su tiro circulaba en México, o sea, un país extranjero.

Como resultado de esta persecución combinada de los dos gobiernos, el de México y el de Estados Unidos, tuvo que suspenderse la publicación de Regeneración, hasta que volvió a aparecer en febrero de 1906, en la misma ciudad de Saint Louis, Mo., salidos ya de la cárcel Ricardo y Enrique; pero como se supo que nuevas acusaciones estaban siendo preparadas para matar al periódico, Ricardo y Enrique se vieron obligados, para no interrumpir sus trabajos de propaganda, a trasladarse al Canadá, quedando en Saint Louis Librado Rivera.

De Regeneración, N° 101, del sábado 3 de agosto de 1912